L'Università di Pisa per statuto riconosce e garantisce la partecipazione democratica degli studenti alla vita dell'ateneo.
Gli studenti sono rappresentati negli organi centrali dell'Ateneo e in quelli dei Dipartimenti.

• Consiglio degli studenti
  Il consiglio degli studenti è l’organo rappresentativo degli studenti dell’Università di Pisa, dotato di autonomia nell’organizzazione e nel coordinamento degli studenti e delle relative rappresentanze.
  Ha inoltre compiti di promozione della partecipazione studentesca
• Senato accademico
  Il Senato accademico è l'organo rappresentativo delle diverse componenti dell'Università. Esso esercita compiti di regolazione, di coordinamento,consultivi e propositivi.
  4 dei 25 rappresentanti del Senato Accademico sono studenti.
• Consiglio di amministrazione
  Il consiglio di amministrazione è organo di governo, di indirizzo strategico e di controllo dell’Università.
  2 dei 10 membri sono rappresentanti degli studenti.
• Nucleo di valutazione
  Il nucleo di valutazione esercita le funzioni di valutazione interna dell’efficienza, dell’efficacia e della qualità della gestione amministrativa, delle attività didattiche e di ricerca, degli interventi di
  sostegno al diritto allo studio. Un membro su 6 è un rappresentante degli studenti.
• Comitato Unico di Garanzia
  Il Comitato Unico di Garanzia (CUG) per le pari opportunità è l'organo designato alla valorizzazione del benessere di chi lavora e contro le discriminazioni.
• Commissione etica
  Il Codice etico dell'Università di Pisa prevede la costituzione di una Commissione etica, composta da un presidente e sei componenti in rappresentanza delle varie categorie (un ordinario, un associato, un ricercatore, un membro del personale tecnico-amministrativo, uno studente, un dottorando o specializzando) e la possibilità, in accordo con il Senato accademico, di deliberare sanzioni per chi si rende responsabile di violazioni delle regole previste nel Codice.
  
• Presidio della Qualità di Ateneo
  Il Presidio della Qualità di Ateneo ha funzioni di supervisione allo svolgimento adeguato e uniforme delle procedure di Assicurazione della Qualità (AQ) nelle attività formative e nelle attività di ricerca.
  
  
• Gli altri organi in cui gli Studenti sono rappresentati
  • Consigli di dipartimento 
  • Consigi di corsi di studio
  • Consigli dei centri interdipartimentali e di ateneo ( laddove previsto)
  • Consigli delle scuole interdipartimentali
  • Collegi dei dottorati di ricerca
  • Consiglio delle scuole di specializzazione
  • Comitati di indirizzo e controllo dei sistemi di Ateneo
  • Commissioni paritetiche
  • Comitato per lo Sport Universitario
  • Consiglio di Amministrazione dell'Azienda Regionale per il Diritto allo Studio Universitario
  • Consiglio territoriale degli studenti per il controllo della qualità (ARDSU)
  • Conferenza regionale per il diritto allo studio universitario
  • Consulta comunale degli studenti universitari
  • Consiglio regionale degli studenti
  • Conferenza Università Territorio
  • Commissioni per accesso aperte alla letteratura scientifica
  • Comitati scientifii e dei poli dello SBA.

Il Consiglio Nazionale degli Studenti Universitari, è organo consultivo di rappresentanza degli studenti iscritti ai corsi attivati nelle università italiane, di laurea, di laurea specialistica e di specializzazione e di dottorato. Esso formula pareri e proposte al Ministro dell'istruzione,università e ricerca (MIUR)