Stefano Perfetti è nato a Pisa il 19 agosto 1961; si è laureato cum laude in Filosofia allUniversità di Pisa e ha conseguito il Dottorato di Ricerca allUniversità di Torino.
Dal 2015 è professore associato di Storia della filosofia medievale presso il Dipartimento di Civiltà e Forme del Sapere dellUniversità di Pisa, dove insegna anche, ad anni alterni, Filosofia delle religioni. A lungo vice-coordinatore del Dottorato di Ricerca in Discipline Filosofiche e Storia della Scienza, è attualmente membro del collegio del Dottorato di Ricerca in Filosofia delle università di Pisa e di Firenze. E' Delegato per il tutorato del Dipartimento di Civiltà e Forme del Sapere. E' membro del Centro Interdipartimentale di Studi Ebraici.
Fa parte della Societé Internationale pour lÉtude de la Philosophie Médiévale, della Società Italiana per lo Studio del Pensiero Medievale, della Society for Medieval Logic and Metaphysics e della "Associazione Italiana per lo Studio del Giudaismo". E'stato membro attivo della convenzione tra Università di Pisa e Northwestern University, Evanston-IL (congressi, seminari e lezioni in Usa e Italia). Membro fondatore del Centro Interuniversitario GrAL (Greco-Arabo-Latino) Incontro di Culture (università di Pisa, di Padova, École Pratique des Hautes Études di Parigi, Université Saint-Joseph di Beirut, Université Cadi Ayyad di Marrakesh). Partecipa regolarmente a congressi internazionali. Dal 1996 al 2011 è stato componente dellunità di ricerca MIUR coordinata dal prof. Gianfranco Fioravanti, presso lUniversità di Pisa, sul tema: La tradizione dei commenti aristotelici tra tardo-antico e tardo-medioevo. Per più di un anno (2012-13) ne è stato coordinatore nazionale. Attualmente è coordinatore di unità locale di due ricerche PRIN.
Ha pubblicato molti articoli in italiano e inglese su Agostino, Pietro Abelardo, Alberto Magno, Tommaso dAquino, Bonaventura, Pietro Pomponazzi; sulla legge naturale; sulla tradizione aristotelica tardomedievale e rinascimentale; sulla filosofia della religione; sul pensiero ebraico contemporaneo. Tra i suoi libri: ledizione critica di Pietro Pomponazzi, Expositio super primo et secundo De partibus animalium (Olschki, Firenze 2004), la monografia Aristotles Zoology and its Renaissance Commentators (1521-1601), (Leuven University Press, Leuven 2000); Animali pensati nella filosofia tra medioevo e prima età moderna, ETS, Pisa 2012; Nature imperfette: umano, animale e subumano nel pensiero di Alberto Magno, ETS, Pisa 2020; Pensare lesperienza musicale, a c. di S. Perfetti, ETS, Pisa 2021.