Il Dott. Andrea Raffaelli è nato a Lucca il 1 Novembre 1953 e ha conseguito la laurea in Chimica Industriale presso l'Università degli Studi di Pisa il 20 Luglio 1978, con la votazione di 110/110 e lode, discutendo con il Prof. Piero Salvadori una tesi sperimentale dal titolo "Preparazione della (R)-sec-Butildifenilfosfina e suo impiego quale legante chirale in catalizzatori d'idrogenazione".
Dal Settembre 1979 al Settembre 1980 ha assolto gli obblighi militari di leva.
Il 1 Gennaio 1981 è stato assunto dal Consiglio Nazionale delle Ricerche, inizialmente come Collaboratore Tecnico Professionale a contratto e quindi (dal 1 Gennaio 1984) in ruolo definitivo. Dal 1 Giugno 1988 è stato inquadrato, sempre nel Consiglio Nazionale delle Ricerche, come Ricercatore. Dal 20 Dicembre 2001, in seguito a Concorso Nazionale, ricopre il ruolo di Primo Ricercatore.
Dal 1983 al 1985 ha trascorso un periodo di circa 2 anni presso il Dipartimento di Chimica dell'Università del Wisconsin a Madison, WI, USA, usufruendo in successione di due Borse di Studio del CNR, una offerta dal Comitato Nazionale per le Ricerche Tecnologiche e una dal Comitato Nazionale per le Scienze Chimiche. In tale periodo ha svolto attività di ricerca con il Prof. Barry M. Trost nel campo dell'impiego di metalli in sintesi organica.
Successivamente ha iniziato a occuparsi di spettrometria di massa applicata all'identificazione strutturale di composti organici in soluzione mediante le più moderne tecniche di ionizzazione. In questo contesto ha trascorso un periodo di un anno, dal Giugno 1989 al Maggio 1990 presso l'University Centre for Pharmacy dell'Università di Groningen, Groningen, NL, usufruendo di un Postdoctoral Fellowship offerta dall'Università di Groningen. In tale periodo si è occupato dell'accoppiamento tra cromatografia liquida e spettrometria di massa mediante interfaccia ionspray/elettrospray e APCI (Atmospheric Pressure Chemical Ionization) con il Dott. Andries P. Bruins.
Rientrato in sede, si è occupato delle pratiche per lacquisto dello spettrometro di massa Perkin Elmer Sciex API III plus, equipaggiato con sorgenti per la ionizzazione Ionspray e APCI. Con tale strumento, ha continuato gli studi sullimpiego della spettrometria di massa avanzata dellidentificazione strutturale e nella determinazione di sostanze organiche, anche di interesse biologico, sia sintetiche, sia provenienti da estratti di origine vegetale, presenti in matrici complesse. In questo contesto è responsabile di uno dei progetti di ricerca del Centro, riguardante appunto limpiego della spettrometria di massa nella identificazione e caratterizzazione di molecole organiche in soluzione. Recentemente ha iniziato studi su una nuova tecnica di ionizzazione per l'accoppiamento LC-MS, la FotoIonizzazione a Pressione Atmosferica (APPI).
Il Dott. Raffaelli ha inoltre partecipato allorganizzazione di numerosi Congressi Nazionali e Internazionali e di Scuole di Formazione. È coautore di oltre 70 lavori su riviste internazionali e di oltre 160 comunicazioni e seminari a congressi e convegni nazionali e internazionali e di cinque monografie dedicate alla spettrometria di massa.
È stato Segretario del Consiglio Direttivo della Divisione di Spettrometria di Massa della Società Chimica Italiana dal 1993 al 1995, e ha fatto parte dello stesso CD, in qualità di membro effettivo, dal 1996 al 1998, dal 2008 al 2010 e dal 2011 al 2013.
Ha organizzato i Convegni MASSA 2001 IONISSEA NELLO SPAZIO, Convegno annuale della Divisione di Spettrometria di Massa della Società Chimica Italiana e "MASSA 2007 - Liquid Ions in Lucca", an International Symposium on Mass Spectrometry.
Organizza inoltre, con cadenza biennale, LC-MS 20XX un corso avanzato sullaccoppiamento della spettrometria di massa con tecniche di separazione in fase liquida.