Sonia Maffei dal novembre 2015 insegna come professore associato di storia della critica darte presso lUniversità di Pisa. Dal 2005 al 2015 ha ha insegnato, come professore associato, allUniversità degli studi di Bergamo.
Si è formata presso LUniversità di Pisa, dove si è laureata in lettere classiche con il prof. Salvatore Settis, con una tesi sulle descrizioni di opere darte dello scrittore greco Luciano di Samosata.
Presso la Scuola Normale Superiore di Pisa ha conseguito il perfezionamento in Discipline storico artistiche nel 1997 con una tesi sul lessico artistico latino di Paolo Giovio sotto la guida di Paola Barocchi e Giovanni Nencioni, Alla Scuola Normale si è occupata di lessicografia artistica del Cinquecento e di metodologie informatiche per i beni culturali (in particolare di banche dati storico-artistiche e documentarie) lavorando per oltre un decennio presso il Centro di Ricerche Informatiche per i Beni Culturali (CRIBeCu). Molti suoi lavori sono relativi alla sperimentazione di nuove metodologie informatiche per i beni culturali, con particolare attenzione al trattamento di testi storico-artistici in formato XML/TEI, alla compilazione di thesauri e vocabolari controllati, alla sperimentazione di digital libraries audio video.
I suoi studi riguardano temi legati alla letteratura artistica del Cinquecento con particolare attenzione al lessico delle arti e alla sua trasmissione dalle lingue classiche (es. Luciano di Samosata. Descrizioni di opere d'arte, Traduzione, commento e introduzione di Sonia Maffei, Torino, Einaudi, 1994; Paolo Giovio, Scritti darte. Lessico ed ecfrasi, a cura di S. Maffei, Pisa, Scuola Normale Superiore, 1999). Particolare attenzione è stata rivolta alla recezione rinascimentale dei modelli classici (es. Sonia Maffei, La fama di Laocoonte nei testi del Cinquecento, in S. Settis, Laocoonte, Fama e stile, Roma, Donzelli, 1999, 98-230 traduzione in varie lingue, Edizione giapponese, Tokyo, Sangensha Publishers Inc., 2006). In anni più recenti le sue attenzioni si sono indirizzate verso lo studio delliconografia rinascimentale ed in particolare delle fonti del linguaggio figurativo allegorico e simbolico tra Cinquecento e Seicento (es. i suoi studi sullIconologia di C. Ripa, o sulle Imagini degli dei di Cartari, sulla fortuna cinquecentesca della Genealogia di Boccaccio).