Margherita Facella si è laureata in lettere classiche nel 1995 all'Università di Pisa e ha conseguito il titolo di dottore di ricerca in Storia Antica nel 2001 (Pisa-Pavia-Perugia). Tra il 2005 e il 2014 è stato ricercatore di Storia Greca e dal 2014 è Professore Associato di Storia Greca presso l'Università di Pisa.
È stata Visiting Student al Brasenose college (Oxford), al Seminar für Alte Geschichte e allInstitut für Klassische Archäologie und Frühchristliche Archäologie (Münster); Visiting Assistant Professor alla Northwestern University, Evanston, Chicago - ILL (USA); Research Fellow dell Alexander von Humboldt Foundation nel 2010.
Collabora dal 1999 con la Forschungsstelle Asia Minor dellUniversità di Münster e alle attività di scavo in Turchia condotte dal Prof. Dr. E. Winter.
I suoi interessi di ricerca comprendono la storia della Commagene e della Siria del Nord con particolare attenzione alle fonti epigrafiche e numismatiche, le religioni orientali (in particolare il mitraismo), la politica orientale nella tarda repubblica romana, il culto dei sovrani ellenistici e degli imperatori romani nel Vicino Oriente.
Tra le sue pubblicazioni principali sono il volume monografico La dinastia degli Orontidi nella Commagene ellenistico-romana (Pisa 2006) e i seguenti volumi miscellanei: Lokale Identität im Römischen Nahen Osten. Kontexte und Perspektiven, (in coll. con M. Blömer e E. Winter), Stuttgart 2009; Kingdoms and Principalities in the Roman Near East (in coll. con T. Kaizer), Stuttgart 2010; Transantiquity: Cross-Dressing and Transgender Dynamics in the Ancient World (in coll. con F. Carlà-Uhink e D. Campanile), London 2017.