Nato a Cellino San Marco, in provincia di Brindisi, nel 1950, Franco Fanciullo ha studiato a Pisa, presso lUniversità degli Studi e la Scuola Normale Superiore, laureandosi in Glottologia nel 1973 e perfezionandosi nella medesima materia nel 1976.
Borsista del CNR dapprima, poi ricercatore universitario confermato presso lUniversità di Pisa, quindi professore associato di Glottologia presso lUniversità della Basilicata (Potenza), successivamente professore ordinario di Linguistica Generale presso lUniversità della Tuscia (Viterbo), dal 1995 al 2003 è stato titolare della cattedra di Glottologia presso lUniversità di Torino (Facoltà di Lettere) e dal 2003 fino al 2020/21 è stato titolare della stessa materia presso il Dipartimento di Filologia, Letteratura e Linguistica (FILELI; in precedenza: la Facoltà di Lettere) dellUniversità di Pisa. In pensione dall'a.a. 2021/2022, continua per incarico a insegnare Dialettologia presso il Dip. di FILELI di Pisa.
Si è occupato (e continua a occuparsi) di linguistica storica, di linguistica e dialettologia italiane, di lingue in contatto nel Mediterraneo medievale (con particolare riferimento alle lingue -romanzo indigeno, greco, arabo, longobardo, varietà galloitaliche e galloromanze- venute a incontrarsi nel sud dItalia), di etimologia italiana e dialettale. Ha collaborato dal 1982 al 2020 circa alla redazione del Lessico Etimologico Italiano (fondato e diretto in Germania, presso lUniversità del Saarland, Saarbrücken, da M. Pfister; successivamente diretto da M. Pfister e W. Schweickard e, dopo la scomparsa di M. Pfister, diretto da W. Schweickard e E. Prifti); ha al suo attivo poco meno di duecento pubblicazioni; dal numero 65 (anno 2004) dirige la rivista pisana "LItalia Dialettale"; dal 2009 è condirettore della rivista "Lingua e Stile".